La sede administrativa, o simplemente el Rectorado de la Universidad, está ubicada en el campus de Vitória da Conquista. Se trata del máximo órgano de ejecución de las actividades administrativas y académico-científicas. Es allí donde se encuentra el núcleo gestor de UESB, responsable de implementar la política universitaria que mejor represente los anhelos de la comunidad académica, compuesta por los segmentos estudiantil, docente y de los servidores. Insoslayablemente, UESB cuenta con cinco vicerrectorías, cada una de ellas responsable de gestionar, según sus atribuciones, una serie de sectores y espacios que le están vinculados.
Rector
Luiz Otávio de Magalhães
Vicerrector
Marcos Henrique Fernandes
Jefe de Gabinete
Weslei Gusmão Piau Santana
Jefa de la Procuraduría Jurídica
Maria Creuza Viana
Vicerrector de Pregrado
Reginaldo Santos Pereira
Vicerrector de Investigación y Posgrado
Robério Rodrigues Silva
Vicerrectora de Extensión y Asuntos Comunitarios
Gleide Magali Lemos Pinheiro
Vicerrectora de Administración
Allisianne Krystina Saraiva de Figueiredo
Vicerrectora de Acciones Afirmativas, Permanencia y Asistencia Estudiantil
Adriana Silva Amorim
Asesor Académico y Administrativo para el campus de Itapetinga
Dimas Oliveira Santos
Asesora Académica y Administrativa para el campus de Jequié
Inês Angélica Andrade Freire
Asesora de Gestión de Personas
Márcia Queiroz Oliveira
Asesora Técnica de Finanzas y Planificación
Joana Darte Avelino dos Santos
Asesora General de Comunicación y Directora del Sistema Uesb de Radio y Televisión Educativa
Cíntia Garcia
Director de la Unidad Organizacional de Informática
Fabrício de Sousa Pinto