A sede administrativa, ou, simplesmente, a Reitoria da Universidade está localizada no campus de Vitória da Conquista. Trata-se do órgão máximo de execução das atividades administrativas e didático-científicas. É lá que se abriga o núcleo gestor da Uesb, responsável por implementar a política universitária que melhor represente os anseios da comunidade acadêmica, formada pelos segmentos estudantil, docente e dos servidores. A Uesb conta com cinco pró-reitorias, cada uma delas é responsável por gerenciar, segundo suas atribuições, uma série de setores e espaços que lhes são vinculados.

Reitor
Luiz Otávio de Magalhães

Vice-reitor
Marcos Henrique Fernandes

Chefe de Gabinete
Weslei Gusmão Piau Santana

Chefe da Procuradoria Jurídica
Maria Creuza Viana

Pró-reitor de Graduação
Reginaldo Santos Pereira

Pró-reitor de Pesquisa e Pós-Graduação
Robério Rodrigues Silva

Pró-reitora de Extensão e Assuntos Comunitários
Gleide Magali Lemos Pinheiro

Pró-reitora de Administração
Allisianne Krystina Saraiva de Figueireido

Pró-reitora de Ações Afirmativas, Permanência e Assistência Estudantil
Adriana Silva Amorim

Assessor Acadêmico e Administrativo para o campus de Itapetinga
Dimas Oliveira Santos

Assessora Acadêmica e Administrativa para o campus de Jequié
Inês Angélica Andrade Freire

Assessora de Gestão de Pessoas
Marcia Queiroz Oliveira

Assessora Técnica de Finanças e Planejamento
Joana Darte Avelino dos Santos

Assessor Geral de Comunicação, Diretor do Sistema Uesb de Rádio e Televisão Educativas e Diretor da Unidade Organizacional de Informática
Rubens Jesus Sampaio