A sede administrativa, ou, simplesmente, a Reitoria da Universidade está localizada no campus de Vitória da Conquista. Trata-se do órgão máximo de execução das atividades administrativas e didático-científicas. É lá que se abriga o núcleo gestor da Uesb, responsável por implementar a política universitária que melhor represente os anseios da comunidade acadêmica, formada pelos segmentos estudantil, docente e dos servidores. A Uesb conta com quatro pró-reitorias, cada uma delas é responsável por gerenciar, segundo suas atribuições, uma série de setores e espaços que lhes são vinculados.

Reitor
Luiz Otávio de Magalhães

Vice-reitor
Marcos Henrique Fernandes

Chefe de Gabinete
Weslei Gusmão Piau Santana

Chefe da Procuradoria Jurídica
Maria Creuza Viana

Pró-reitor de Graduação
Reginaldo Santos Pereira

Pró-reitor de Pesquisa e Pós-Graduação
Robério Rodrigues Silva

Pró-reitora de Extensão e Assuntos Comunitários
Gleide Magali Lemos Pinheiro

Pró-reitor de Administração
Elinaldo Leal Santos

Assessor de Comunicação
Rubens Jesus Sampaio

Assessor Técnico de Governança Institucional
Boaz Rios

Assessor na Gestão de Projetos e Convênios Institucionais
Allen Krysthiano Figueiredo

Assessora Técnica de Finanças e Planejamento
Dayane da Silva Brito

Assessora Especial de Acesso e Permanência Estudantil e Ações Afirmativas
Selma Norberto Matos

Assessora Especial na Gestão de Pessoas
Manuella Cajaíba

Diretores da Unidade Organizacional de Informática (Uinfor)
Francisco Ângelo Almeida Neto

Assessoria de Obras e Projetos
Alberto Brandão

Assessor Especial da Reitoria no Campus de Itapetinga
Dimas Oliveira Santos

Assessor Especial da Reitoria no Campus de Jequié
Nemésio Matos Oliveira Neto