A sede administrativa, ou, simplesmente, a Reitoria da Universidade está localizada no campus de Vitória da Conquista. Trata-se do órgão máximo de execução das atividades administrativas e didático-científicas. É lá que se abriga o núcleo gestor da Uesb, responsável por implementar a política universitária que melhor represente os anseios da comunidade acadêmica, formada pelos segmentos estudantil, docente e dos servidores. A Uesb conta com quatro pró-reitorias, cada uma delas é responsável por gerenciar, segundo suas atribuições, uma série de setores e espaços que lhes são vinculados.
Reitor
Luiz Otávio de Magalhães
Vice-reitor
Marcos Henrique Fernandes
Chefe de Gabinete
Weslei Gusmão Piau Santana
Chefe da Procuradoria Jurídica
Maria Creuza Viana
Pró-reitor de Graduação
Reginaldo Santos Pereira
Pró-reitor de Pesquisa e Pós-Graduação
Robério Rodrigues Silva
Pró-reitora de Extensão e Assuntos Comunitários
Gleide Magali Lemos Pinheiro
Pró-reitor de Administração
Elinaldo Leal Santos
Assessor de Comunicação
Rubens Jesus Sampaio
Assessor Técnico de Governança Institucional
Boaz Rios
Assessor na Gestão de Projetos e Convênios Institucionais
Allen Krysthiano Figueiredo
Assessora Técnica de Finanças e Planejamento
Dayane da Silva Brito
Assessora Especial de Acesso e Permanência Estudantil e Ações Afirmativas
Selma Norberto Matos
Assessora Especial na Gestão de Pessoas
Manuella Cajaíba
Diretores da Unidade Organizacional de Informática (Uinfor)
Francisco Ângelo Almeida Neto
Assessoria de Obras e Projetos
Alberto Brandão
Assessor Especial da Reitoria no Campus de Itapetinga
Dimas Oliveira Santos
Assessor Especial da Reitoria no Campus de Jequié
Nemésio Matos Oliveira Neto