A Uesb, entendendo que o debate acerca da oferta de cursos superiores na modalidade a distância se insere no contexto das políticas públicas para acesso ao Ensino Superior no Brasil, deu início, em 2006, em parceria com a Universidade Federal Rural de Pernambuco, à primeira experiência dessa modalidade de ensino, na Instituição, oferecendo a Graduação em Física. Ainda em 2006, em articulação com a Capes, passou a oferecer o primeiro curso de pós-graduação lato sensu nessa modalidade. Já, a partir de 2011, a Uesb também passou a desenvolver atividades extensionistas à distância.
Atualmente, a Uesb oferta, na modalidade a distância, quatro cursos de graduação: Licenciatura em Pedagogia, Licenciatura em Computação, Licenciatura em Matemática e Licenciatura em Física. Já as especializações ofertadas no momento são: Gestão Municipal, Gestão em Saúde e Mídias na Educação.